Zum ersten Teil deiner Frage:
Eine Antwort ist etwas, bei dem du eine qualifizierte Aussage zu der urprünglichen Frage stellen kannst. Beispielsweise wäre zur Frage "Ist 2+2=4?" die Aussage "Ja." durchaus eine Antwort.
Kommentare sind dazu da, Nachfragen zu stellen, weitere Informationen zur Frage zu liefern, oder generell Vermutungen zu äußern, wie z.B. "Also generell kann man das nicht sagen; wie ist denn die binäre Operation "+" definiert?" zur oben genannten Frage.
Die Kombination aus originaler Frage + Antwort soll geeignet sein, einem vorbeischauenden Leser sowohl das Problem als auch die Lösung eindeutig klarzumachen -- ohne, dass er die ganzen Kommentare lesen muss.
Zu den anderen Punkten:
Gibt es irgendwie eine Möglichkeit in den Quelltext zu wechseln, um Zitate, Code Links etc. manuell anzupassen?
Der Editor verwendet Markdown bzw. grob den Dialekt davon, der auch auf Stackoverflow und allen anderen Seiten des Stackexchange-Netzwerkes verwendet wird. Codehighlighting wird für die in Backticks eingeschlossenen Teile ebenfalls davon erledigt, soweit ich weiß. Zusätzlich ist ein Syntax-Highlighting-Plugin für größere Code-Teile installiert.
Wenn ich in einem Thread eine weitere Antwort poste, dann erkennt man das überhaupt nicht am Haupteintrag,
Das verstehe ich nicht ganz -- in der Fragenliste wird die Anzahl der Antworten normal hochgezählt. Verwechselst du hier Antworten mit Kommentaren?
Vielleicht ist es schlicht so, dass mit Ajax gewisse Dinge nicht automatisch aktualisiert werden, wie sie sollten; dabei sollte ein Reload der Seite helfen.
Ansonsten empfehle ich den RSS-Feed für die letzten Aktivitäten, um am Ball zu bleiben.
