Frohes Neues!
Ja, die Anzahlungsrechnung hat eine speziellere Steuerautomatik und diese ist nur beim Verbuchen der importierten Kontoauszüge möglich - Von daher ist das manuelle Buchen von Zahlungen bewußt gesperrt.
Eben weil dies etwas speziell ist, kann dann die Schlussrechnung ausnahmsweise als bezahlt markiert werden.
Aktuell ist die Antwort, wenn die Steuerautomatik sowieso keine Rolle spielt, würde ich eher eine Abschlagsrechnung oder eine Druckvarianten für Rechnungen in Deinem Fall empfehlen ODER nutz konsequent die Importfunktion für Kontoauszüge.
Wir selber haben (fast) keinen Kunden, der noch die Zahlungen manuell verbucht.