Als allererstes würde ich mal testen, ob das Problem auch auftritt, wenn ihr eine frische Installation 3.9.1 direkt einfach startet und einrichtet, nicht dass doch auf dem Server irgendwas fehlt.
Dann probehalber mal dem Kopieren der alten Daten den gesamten Kivitendo-Ordner einfach mit Schreibrechten für Others versehen (chmod -R ugo+rwX .
, großes X, sonst wird alles auch ausführbar) und schauen, ob das was bewirkt. Nicht so betreiben, nur zum Test.
Und ja, Du kannst debuggen, indem Du die entsprechende Variable in der kivitendo.conf auf Dir genehme Werte setzt, zur Not halt ALL. Ich weiß allerdings nicht, ob dieses Script überhaupt nennswert Debugmeldungen absondert, kannst ja mal reinschauen.
/Hannes